近幾年來，日本經營之圣稻盛和夫創立的阿米巴經營模式受到越來越多企業的青睞，但是很多老板分不清楚阿米巴經營和承包制的區別，簡單地認為阿米巴就是承包經營，從認識的根源上就出現失誤。或者在推行的過程中，簡單地用各部門獨立核算的利潤直接考核和分成，導致把阿米巴經營演變為承包經營，這兩種情形，都不可避免地導致阿米巴經營推行失敗。可以說，把阿米巴經營等同于承包經營，是中國企業推行阿米巴經營最大的誤區。
承包經營簡單地追求利潤最大化，而阿米巴經營是以培養人才為核心目的的同時，實現利潤最大化。稻盛先生為什么創建阿米巴經營模式，原因在于企業擴張過程中，他感覺到身心疲憊，所以必須培養人才，他深深認識到，企業發展的根本取決于人才。所以，京瓷的阿米巴經營模式，一直圍繞著培養人才為核心目的追求最大化利潤，而不是其他。
承包經營往往握有較大權力，當然，這種權力是他們與企業所有權的代理人博弈出來的，但較大的權力往往導致權力濫用，在企業里形成很壞的文化氛圍。而阿米巴經營強調系統授權，根據阿米巴的不同級別，分別采取機能量化分權、事業量化分權、聯邦量化分權等模式，確保授權根據責任大小有效區分，并且根據經營會計報表的量化數據來分權，真正讓權力和責任牢牢捆綁；同時，阿米巴經營還通過事前計劃、事中監督、事后評價的一整套流程系統控制風險，并對經營者的品行和能力進行監控和評價。
承包經營為了刺激承包人的積極性，往往對承包人利益最大化予以承諾，期望通過承包人經營積極性的調動來調動員工的積極性，而實踐表明，承包人在短期利益的驅使下，往往對員工的利益置若罔聞。阿米巴經營的理念是全體員工的物質和精神幸福，在利益分配方面，一定是全體員工的共享機制。
第四，從長短期利益平衡的角度。
承包經營往往關注短期利益，急功近利，因為短至一年、至多三年的承包期限機制給到承包人追求短期利益的動力。
阿米巴經營則關注短期利益，更加關注長期利益，推動阿米巴經營的企業中樞部門是經營管理部，經營管理部所代表的利益是企業，所站的高度和老板一致，它在企業的戰略發展規劃下制定企業的年度經營計劃，并指導各部門按照企業年度經營計劃分解各部門計劃，據此開展經營，當發生短期利益影響和破壞長期利益的現象時，則堅決叫停。
部門承包者關注部門利益而不關注企業利益，在局部利益最大化的氛圍下，企業難免出現“諸侯”，關鍵時刻和企業叫板。阿米巴經營就時刻關注企業全局利益，在經營管理部企業年度經營計劃的指引下展開部門經營，在局部利益和全局利益發生沖突與矛盾的時候，局部利益必須讓路。
承包者由于優先保證局部利益和短期利益的實現，往往不顧一切地透支資源使用，而且各部門之間無法達成協同，造成企業資源的浪費。阿米巴經營關注全局利益和長期利益，最大化地協同各單元的行動，為企業整體的利潤最大化而努力，最大化地合理利用資源。但是，知道以上六點區別還不夠，因為很多老板從意識上明白阿米巴經營不是承包經營，但為什么還是在實際推行阿米巴經營的過程中演變為承包經營呢？原因在于錯誤的考核和激勵方式，因為阿米巴經營的基礎是獨立核算，也就是計算出各部門的經營利潤，于是很多企業所采取的考核激勵方式就是：直接把各部門的利潤與各部門獎金分配直線掛鉤，殊不知這就造成各部門局部利益凌駕于企業整體利益之上，各部門之間為了內部交易定價、總部費用分攤無休止地爭吵，出現問題推責任，企業的經營和管理問題沒有得到解決，內部矛盾反而在擴大。所以，阿米巴經營的績效考核方式非常重要，應該牢牢把握整體利益大于局部利益的原則，獎金分配從企業整體經營利潤中切分一定比例，再按照進步性、公平性、貢獻度的三個原則，逐層把獎金切分到大巴、中巴、小巴，直到個人。這樣，才能從機制上保證整體利益大于局部利益，“分”不是為了分，分是為了“合”。
